依据疾病管制署监测资料，国内肠病毒疫情仍处流行期，上周门、急诊就诊总人次13,843人次，较前一周略升5.6%，急诊就诊千分比（5.93）仍高于流行阈值（4.35），社区主要流行病毒株为克沙奇A16型；9月开学后次波疫情持续发生，虽多属轻症，民众仍不能掉以轻心。
疾管署表示，今年迄今共计5例重症个案，3例感染克沙奇B5型、2例感染克沙奇A16型，其中1例克沙奇B5型及1例克沙奇A16型为死亡个案；另依疾管署法传肠病毒重症与社区肠病毒轻症监视资料显示，今年9月起零星检出肠病毒71型检体，主要发生于宜兰县。
疾管署提醒，肠病毒容易在人口密集且互动密切的场所传播，家长及教托育机构应随时留意婴幼儿及学童卫生，落实正确勤洗手，若幼儿诊断感染肠病毒时，应避免与其它幼儿接触，以降低交叉感染的机会，并注意是否出现嗜睡、意识不清、活力不佳、手脚无力、肌抽跃、持续呕吐与呼吸急促或心跳加快等重症前兆病征。
国内过去曾于2008年及2011至2012年间发生过肠病毒71型的流行，至今已3年没出现大流行，由于今年4至6月首波肠病毒疫情并无明显高峰，推测仍有多数孩童不具免疫力，自9月开学后次波疫情持续发生，虽多属轻症，民众仍不能掉以轻心。
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