目前肠病毒在社区虽属低度流行，但依历年监测资料显示，国内肠病毒重症个案与肠病毒71型（EV71）流行趋势相符，约每3至4年就有一波较明显的流行，今年距上次2012年EV71流行已超过3年，研判今年社区中出现EV71的风险增加，疾病管制署提醒家长及教托育机构提高警觉，注意环境卫生与幼儿健康状况。
疾管署依据2009至2015年每周门急诊肠病毒就诊人次、肠病毒重症病例数与社区病毒监测资料，建立预测模型进行疫情模拟推估，结果显示，若今年主要流行病毒与过去3年相同，以克沙奇A型病毒（CA）为主，在无EV71流行的前提下，推估今年肠病毒重症个案数约10至15例，死亡个案约2至3例。
但若今年发生像2008年及2012年的EV71流行，推估重症个案约达95至105例，死亡病例约5至8例；另预估今年肠病毒轻症的门急诊就诊总人次约53万至57万人次，住院人次约9,100至9,500人次。
为因应EV71大流行的可能性，疾管署已成立应变工作小组，并指定全国76家医院为肠病毒重症医疗网责任医院；因学龄前婴幼儿为肠病毒重症高危险群，呼吁教托育机构应定期进行环境消毒、落实病例通报，民众应时常清洗消毒儿童常接触之物品及玩具，及教导儿童做好个人卫生，落实正确勤洗手的习惯。
疾管署提醒，肠病毒的传染力极强，容易在家庭及教托育机构内传播，若幼儿诊断感染肠病毒时，应避免与其它幼儿接触，并请家长特别留意幼儿是否出现嗜睡、意识不清、活力不佳、手脚无力、肌抽跃（无故惊吓或突然间全身肌肉收缩）、持续呕吐与呼吸急促或心跳加快等重症前兆病征，以掌握治疗契机。
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